Fundada por los Reyes Católicos en 1483, hay huellas de presencia humana desde la Prehistoria (yacimiento de El Retamar), restos romanos (Puente Melchor, Gallinero y Villanueva) y musulmanes (Alquería de Rayhana). A finales del s. XIV, fue ocupada por los cristianos.
En 1483 los Reyes Católicos emiten el documento fundacional, posteriormente se redactan dos documentos en los que se detallan los privilegios y condiciones en las que debería desarrollarse la nueva población, aunque su intención era tener un "puerto real", ya que los puertos de los alrededores estaban controlados por la nobleza y con estos el comercio con África.
Aunque en un principio fue ciudad independiente, en 1488 pasa a estar bajo la tutela de Jerez. En 1543 Carlos I le concede la independencia, aunque esta no se hace efectiva, debido a los continuos litigios que mantiene con Jerez, hasta 1572, cuando Felipe II vincula a la villa con la monarquía.
En 1702 durante la Guerra de Sucesión, fue invadida por una escuadra angloholandesa.
En 1800 sufrió una epidemia de fiebre amarilla.
En 1810 fue ocupada por las tropas francesas, y fundaron un Campamento en la Algardia con el fin de preparar el asedio de Cádiz.
Los franceses se retiraron en 1812, dejando la ciudad en ruinas.